Limites du criblage blanc/bleu. Le test blanc/bleu n'est qu'une méthode de criblage, et non une technique de sélection. Il peut arriver que le gène lacZ présent dans le vecteur ne soit pas fonctionnel et ne produise pas de β-galactosidase. La colonie correspondante apparaîtra donc en blanc bien qu'elle ne soit pas recombinante.